『아가미 소년』은 지구 온난화로 해수면이 상승해 바다가 육지를 삼켜버린 세계, 두 개의 인공 섬에서 이야기가 시작됩니다. 살아남은 인류는 블루 패드와 펄 패드에 나뉘어서 살고 있었죠. 여러 특징을 가지고 태어난 변종 인류는 펄 패드에, 그렇지 않은 인류는 블루 패드에 모여서 살아갑니다. 주인공 카이는 아가미족으로 블루 패드에 사는 유일한 변종인입니다. 날이 갈수록 커가는 친구들과 달리 왜소한 체구를 가지고 있었죠. 친구들과 어울리지 못하던 카이는 자신의 정체성에 혼란을 겪고 아가미를 사용하지 않으면 친구들과 어울릴 수 있을 거라 생각하게 됩니다. 그래서 신체적 특징을 이용하지 않고 살아가려 하죠.

그러던 어느 날, 카이는 우연히 아가미족에 대한 어른들의 무시무시한 계획을 알게 됩니다. 떨어진 거리만큼이나 서로의 이야기를 듣지 않으려 하는 블루 패드와 펄 패드 사람들은 상대방을 향해 작살을 들고 전쟁하려 하죠. 근거 없는 오해와 일방적인 공격을 막을 수 있는 수단은 싸움밖에 없는 것일까요? 과연 카이는 전쟁 없이 모두를 평화롭게 지켜낼 수 있을까요?